Институт математики Академии наук Республики Таджикистан организован в 1973 году на базе Отдела математики с Вычислительном центром Академии Наук Республики Таджикистан. Его первым директором-организатором был академик А. Д. Джураев (1973-1987), в последующие годы - академик З. Д. Усманов (1987-1999) и с 1999г. по настоящее время член-корреспондент АН РТ З. Х. Рахмонов.
В настоящее время в составе института 5 отделов: дифференциальные уравнения; теории функций и функционального анализа; теории чисел, алгебра и топологии; математического моделирования; прикладная математика и механики. Среди сотрудников института 3 академика АН РТ, 2 член-корреспондента АН РТ, 9 докторов и 23 кандидата наук.
В институте сформировались авторитетные, широко известные научные школы со своеобразными направлениями по теоретической математике (Джураев А.Д., Михайлов Л.Г., Усманов З.Д., Бойматов К.Х., Илолов М.И., Мухамадиеев Э.М., Рахмонов З.Х.) и прикладной математике и механике (Усманов З.Д., Саттаров М.А., Наботов Д.).
B Институте ведутся исследования по следующим направлениям:
- разработка теории дифференциальных и интегральных уравнений;
- спектральной теории полиномиальных операторных пучков и структурных свойств функциональных пространств;
- исследование тригонометрических сумм, сумм характеров и их приложений в аналитической теории чисел и теории рядов Дирихле;
- исследование аппроксимации топологических пространств нервами покрытий;
- разработка математических моделей природных, антропогенных, технологических и социальных процессов, а также прикладных проблем, ориентированных на решение научных и народно-хозяйственных задач Республики Таджикистан.
- разработка физико-математических основ теории фильтрации, русловых процессов, тепломассообмена и горения.
Результаты исследований сотрудников института около 20 раз отмечались в докладах Главного ученого секретаря Президиума АН СССР в числе важнейших достижений в области теоретической и прикладной математики.
За прошедшие годы в Институте подготовлено свыше 150 кандидатов и 15 докторов наук по математике, механике и информатике. По инициативе ученых института в г. Душанбе проведено 11 международных конференций.
Тематика научных исследований института актуальна и перспективна для дальнейшего развития. Свидетельством тому является постоянные приглашения ряда ведущих научных сотрудников института в крупные зарубежные научные центры для проведения совместных исследований, чтения лекций, участия в международных научных конференциях и издания научных трудов за рубежом. Сотрудники института принимали участие в международных математических конгрессах в Москве, Беркли, Хельсинки, Варшаве, Киото, Берлине, Пекине, Барселоне; участвовали в международных конференциях по математике, информатике, механике, читали лекции и проводили совместные исследований в России, США, Германии, Франции, Японии, Польши, Словении, Италии, Азербайжане, Украине, Белоруссии, Узбекистане, Казахстане, Израиле, Иране, Австрии,
Ученые института опубликовали зарубежом 16 монографии. Более 350 научных статей сотрудников переведены на английский язык Американским математическим обществом.